传统的菌落计数器使用时，是将计数笔连接到主机上，打开电源开关，将培养皿放在白光板上，打开白光灯，用计数笔触动计数，LED显示屏显示所计数量；计数完成可用计数笔在稿纸上暂记总数，重新开关电源，LED显示屏自动归零，二次计数与稿纸上一次总数比较，数量相同可得较准确的结果。同时，按照细菌计数检验规程规定，一只培养皿中细菌生长数超过300个时，应将检验样品稀释重作，以保证计数的准确性，所以，一般的菌落计数器仪器显示计为三位数。现在随着科技的进步，菌落计数技术日趋完善。主要体现在配置越来越高，功能越来越全。计数的速度越来越快，准确性也越来越。具体体现在下面几个方面：
1、成像方面，传统的手动菌落计数器，使用的是放大镜，一般可放大1.7倍到3倍。现在使用的菌落计数器已经具有了图片拍摄功能，而且CCD的规格越来越高，现在市场上销售的仪器所配置的CCD规格是300万到1000万像素不等，分辨率也从原来的0.08mm增强到了现在的0.01mm，图像清晰度大大提高。另外应基层微生物实验室的使用需求，还增加了图像特性获取功能。
2、图像处理功能，具有图像调节，图像增强，图像滤波，边缘检测，形态学运算等，这些都是传统的菌落计数器所没有的。
3、在统计功能方面，不再局限于传统的数量统计。现在市场上出现的全自动菌落计数器，已经增加了一些智能识别技术，可全皿菌落统计，区域选择统计，鼠标点击统计，排污区域计数，直径分类统计，颜色识别统计等。更先进的全自动菌落计数器还带有自动杂质剔除，菌落粘连分割大肠杆菌技术等等。
4、测量功能和抑菌圈自动测量方面也是原来的菌落计数器所没有，更有先进的仪器已经具有了药敏分析功能。不过，这种菌落计数器多用在微生物实验室等数据要求较高的领域，价格也不便宜，市场价多在8，9万左右。
5、在数据库的处理方面，较传统的菌落计数器，增加了数据存储，智能查询，数据导出等，有的还可以设置操作者使用权限，数据修改权限设置等，使测量的数据更加安全。同时，还可以在线编辑，报表打印。
总之，随着科学技术的发展，菌落计数器也在不断的改进。需求者可以根据自己的计数侧重点进行选购
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